Samsun Arkeoloji ve Etnografya Müzesinin en göze çarpan koleksiyonu Amisos Antik Kenti buluntuları ve bu kentte yer alan bir mezar odasında bulunan Amisos hazinesidir. Mezar odası buluntularından bir erkek, bir kadın ve bir kız çocuğuna ait olan altın takılar özellikle önemlidir. Helenistik Dönem‘e ait bu eserler zamanın sanat ve işçiliğinin göstergesidir. Müzede ayrıca Klasik, Helenistik, Roma, Bizans, Selçuklu, Osmanlı ve Cumhuriyet Dönemlerine ait sikkeler sergilenir.

Samsun ve çevresinden Kalkolitik, İlk Tunç, Hitit, Helenistik ve Roma Dönemlerine ait eserler de müzenin koleksiyonları arasındadır. Her iki yüzü kabartmalı bronz mızrak ucu, İlk Tunç Çağı'na ait ameliyatlı kafatasları, MÖ 5. yüzyıla özgü orijinalinin kopyası olan bronzdan çıplak atlet heykeli de müzenin gözde eserleridir. Etnografik eserler ayrı bir bölümde yer alır. Samsun merkezde yer alan ve kapalı durumda olan Arkeoloji ve Etnografya Müzesinin inşaatına 1976 yılında başlanmış ve 19 Mayıs 1981 tarihinde ziyarete açılmış olup 16.07.2017 tarihine kadar hizmet vermiştir. Samsun Müzesi yeni hizmet binasına taşınarak 13.03.2024 tarihinde faaliyetlerine yeniden devam etmeye başlamıştır.